Современный облик архипелага сформировался после таяния ледника. Талая вода несла камни и песок, создавая холмы. Сегодня берега шхер — чередование песчаных и галечных пляжей с валунами и отвесными утёсами, небольшими каменными островами, выглядывающими из воды.
Встречаются, так называемые, бараньи лбы. Это плоские невысокие скалы, образованные движением ледника. Там, где сходил лёд, они гладкие и округлые, а с противоположной стороны – угловатые и обрывистые.
На суше растёт около семисот видов растений, двадцать из которых занесены в Красную книгу Карелии. В лесах можно встретить медведя, лося, выдру, а в небе — 172 вида гнездящихся птиц.
Государственный зоологический заказник «Кижский», созданный в 1989 году, охраняет эту территорию вместе с прилегающей акваторией.
Прогулка по шхерам на катере даёт возможность почувствовать масштаб этих мест. Утром здесь особенно волшебно: можно заглушить мотор и насладиться нежными звуками природы.